Lönegarantin inbetalas på arbetstagarens bankkonto inom en vecka efter delgivandet av beslutet.

Lönegarantin kan även betalas till den adress som uppgivits av arbetstagaren. I praktiken erläggs betalningen till banken Nordea, som sänder ett meddelande till mottagaren av lönegarantin om att beloppet inbetalts. Pengarna kan lyftas under en månad från vilket som kontor som helst inom nämnda bankgrupp.

På de fordringar som betalas i form av lönegaranti görs en förskottsinnehållning som till 5 000 euro är 30 % och för den överskridande delen 50 %. Lönegarantimyndigheten anmäler de erlagda beloppen för skattemyndigheten, med undantag av lönegarantin, som betalats genom konkursboet. Lönegarantin anmäls av konkursboet. Om den sökandes individuella skatteprocent avsevärt avviker från den lagstadgade skatteinnehållningsprocenten, ger skattemyndigheten ett skattekort för ifrågavarande lönegarantibetalning.

Av tillgodohavandena som betalas som lönegaranti avdras arbetstagarens pensionsavgift och arbetslöshetsförsäkringsavgift.

Tillgodohavandena som betalats som lönegaranti återkrävs av arbetsgivaren eller av arbetsgivarens konkursbo med ränta till staten. Beslutet om lönegarantin är beträffande arbetsgivaren omedelbart genomförbart. Fordringar indrivs genom utsökning eller genom bevakning av fordran i arbetsgivarens konkurs.